En R
R fournit directement une implémentation robuste de l’analyse en composantes principales avec prcomp(). L’option center = TRUE centre les variables et scale. = TRUE les réduit avant la décomposition.
donnees <- iris[, 1:4]
acp <- prcomp(donnees, center = TRUE, scale. = TRUE)
summary(acp)
coordonnees_individus <- acp$x[, 1:2]
directions_variables <- acp$rotation[, 1:2]Les variances des composantes sont acp$sdev^2. Leur proportion d’inertie expliquée se calcule avec acp$sdev^2 / sum(acp$sdev^2).
Alternative
Alternativement, vous pouvez retrouver le code utilisé par ADE4 sur GitHub dans les fichiers :